静電ポテンシャルのマッピング

Winmostarの便利な機能として、Gaussianの出力の「マッピング」と呼ばれる可視化があります。これは、溶媒排除表面などの曲面に、静電ポテンシャルやスピン密度などの数値データをグラデーションで表示するもので、物理的な数値データを視覚的にわかりやすく見せることができます。ここでは、アセトアニリドの静電ポテンシャルのマッピングを紹介します。

あらかじめ、アセトアニリドの構造最適化計算を行っておき、チェックポイントファイルを用意しておきます。[計算(C)]の[FormChk]で.fckファイルを作成し、[CubeGen]でcubeファイル作成ダイアログを出します(Fig.1)。まず、MOではなくDensityを指定し、適当なファイル名でcubeファイルを作成します(Fig.2)。

一旦ここで[CubeGen]で戻り、今度はESPを指定し、適当なファイル名でcubeファイルを作成します(Fig.3)。cubeファイルを２つ指定できますが、上に投影されるデータ(ここではDensity)、下(map)に投影するデータ(ここではESP)のcubeファイルを指定し、[VRML]ボタンをクリックすると、きれいにマッピングされた３次元モデルを作成することができます(Fig.4)。このモデルを見ると、アミド結合の極性の様子が視覚で理解できます(赤い部分が正，青い部分が負)。